Dalam kitab البيان لما يشغل الأذهان, Syekh Ali Jum'ah menjelaskan bahwa hukum qunut dalam salat Subuh merupakan salah satu masalah fiqih yang diperselisihkan oleh para ulama. Perbedaan ini muncul karena adanya berbagai hadis yang berkaitan dengan praktik qunut yang dipahami secara berbeda oleh para imam mazhab. Sebagian ulama memahami bahwa Rasulullah SAW terus-menerus melakukan qunut dalam salat Subuh hingga akhir hayat beliau, sedangkan sebagian yang lain berpendapat bahwa qunut tersebut dilakukan hanya pada masa tertentu, khususnya ketika terjadi musibah yang menimpa kaum muslimin. Oleh karena itu, perbedaan pendapat mengenai qunut Subuh termasuk dalam ranah ijtihad yang telah diakui dalam tradisi fiqih Islam.
Syekh Ali Jum'ah menerangkan bahwa mayoritas ulama Syafi'iyyah berpendapat bahwa qunut pada rakaat kedua salat Subuh setelah i'tidal hukumnya sunnah. Pendapat ini didasarkan pada hadis-hadis yang menunjukkan bahwa Nabi SAW melakukan qunut dalam salat Subuh serta praktik sejumlah sahabat dan tabi'in yang terus mengamalkannya. Karena itu, dalam mazhab Syafi'i, qunut Subuh dipandang sebagai salah satu sunnah yang dianjurkan untuk dikerjakan secara rutin dan menjadi bagian dari tradisi ibadah yang telah diwariskan dari generasi ke generasi.
Di sisi lain, sebagian ulama dari mazhab Hanafi dan Hanbali berpendapat bahwa qunut Subuh tidak dilakukan secara terus-menerus. Menurut mereka, qunut lebih tepat dilaksanakan pada saat terjadi bencana, peperangan, atau musibah besar yang menimpa umat Islam, yang dikenal dengan istilah qunut nazilah. Mereka mendasarkan pandangannya pada riwayat yang menyebutkan bahwa Rasulullah SAW pernah melakukan qunut dalam suatu periode tertentu kemudian meninggalkannya setelah keadaan yang menjadi sebab qunut tersebut berakhir.
Melalui pembahasan ini, Syekh Ali Jum'ah menegaskan bahwa kedua pendapat tersebut memiliki dasar ilmiah dan dalil yang dapat dipertanggungjawabkan. Oleh sebab itu, tidak dibenarkan bagi seorang muslim untuk mencela atau menyalahkan pihak lain yang berbeda dalam masalah qunut Subuh. Orang yang melaksanakan qunut mengikuti pendapat ulama yang mensunnahkannya, sedangkan orang yang tidak melaksanakannya juga mengikuti pendapat ulama yang memiliki landasan syar'i yang kuat. Sikap yang seharusnya dikedepankan adalah saling menghormati perbedaan ijtihad dan menjaga persatuan umat.
Dengan demikian, Syekh Ali Jum'ah menyimpulkan bahwa qunut dalam salat Subuh merupakan persoalan khilafiyah yang mu'tabarah (diakui dalam syariat). Bagi pengikut mazhab Syafi'i, qunut Subuh adalah sunnah yang dianjurkan, sedangkan bagi pengikut mazhab lain yang tidak melaksanakannya secara rutin, salat mereka tetap sah dan sesuai dengan tuntunan mazhab yang mereka ikuti. Oleh karena itu, perbedaan dalam masalah qunut hendaknya dipahami sebagai bentuk keluasan rahmat dan kekayaan khazanah fiqih Islam, bukan sebagai alasan untuk menimbulkan perselisihan di tengah umat.